不安定なDNA 04

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3766610/

3.2. Genome-Wide Methylation Assay
ゲノム全体のメチル化の分析





After completion of the quality control assessments that were performed to remove any potential biases associated with probe sequence length, probe GC content, and inclusion of SNPs [56], a total of 381,989 CpG sites were retained.
あらゆるバイアスの可能性 (DNAプローブ配列の長さ、プローブに含まれるGC量、SNPの含有に関連する) を取り除くために実施されたクオリティコントロール評価の完了後、合計38万1989箇所のCpGが残った。

From these, a total of 69 sites were determined to be differentially methylated (DM) between the patients who have FM and the healthy controls, with 63 of these DM sites having higher values in the patients with FM and 6 having lower values (Figure 2).
これらの中から、FMの患者と健康なコントロール群との間でメチル化の状態が異なる (DM) 箇所、合計69個が決定された。
このDM69箇所の内、FMの患者では63箇所が高い値であり、6箇所が低い値であった (Figure 2)。

These 69 DM sites included CpG islands (46.4%); north shores (20.3%); south shores (8.7%); as well as north (4.3%) and south (1.4%) shelves and sites that were not annotated into the previously noted categories (18.8%).
これら69のDM箇所は、46.4パーセントのCpG島を含んでいた。
北海岸は20.3パーセント、南海岸は8.7パーセント、北の棚は4.3パーセント、南の棚は1.4パーセント。
そして以前に記されたカテゴリーの中にはアノテーション (注釈) がつけられていない箇所が18.8パーセントあった。

※shore: 海岸。CpG島 (island) に隣接する、約2000塩基対 (2 kilo base pair; 2kbp) の領域。
北海岸 (north shore) はCpG島の上流 (upstream) 2kbp、南海岸 (south shore) は下流 (downstream) 2kbpを指す

※shelf: 棚。大陸棚 (continental shelf) のような概念か。CpG島の海岸からさらに上流と下流の2kbpずつを指す



The DM sites were localized to 47 different genes (Table 2), with 3 genes having multiple sites identified (N-acetyltransferase 15 gene (NAT15) had 4 DM sites; DNAJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 17 (DNAJC17) had 2 DM sites; and SLC17A9 and 2 DM sites).
DM箇所は47の異なる遺伝子に存在し (Table 2)、さらに3つの遺伝子にはDM箇所が複数存在した。

・N-アセチル基転移酵素15 (NAT15) は4つのDM箇所

・DNAJ (ヒートショックタンパク質40) ホモログ・サブファミリーC・メンバー17 (DNAJC17) は2箇所

SLC17A9 (小胞型ヌクレオチドトランスポーター) は2箇所

※NAT15 (NAA60): Genecardsには、「ゴルジ装置に局在化してフリーのヒストンH4のアセチル化を仲介する、ヒストンアセチル基転移酵素。それによりヌクレオソームの形成を促進する。有糸分裂の後期 (anaphase) の間の染色体分離に必要」とある


An assessment of potential biologically related clusters of DM sites resulted in the recognition of 15 groups, including gene clusters involved in neuron differentiation and nervous system development (Table 3).
潜在的に生物学的に関連するDM箇所のクラスターを分析したところ、15グループが確認され、その中にはニューロンの分化、ならびに神経系の発達に関与する遺伝子クラスターが含まれていた (Table 3)。






Figure 2


Sites having significantly different methylation patterns in women with FM compared to healthy controls.
健康なコントロール群と比較してFMの女性で著しく異なるメチル化のパターンを持つ箇所。

(a) A heatmap shows the 69 DM sites detected in the study.
(a) ヒートマップは、研究で検出された69のDM箇所を示している。

The women who have FM (F) are grouped on the left of the figure, with controls (C) being grouped on the right.
FMの女性たち (F) は図の左に、コントロール群 (C) は右に集められている。

Each row (CpG site) is scaled to represent methylation where lower levels are represented in green while higher levels are represented in red.
それぞれの横並びの列 (CpG箇所) はメチル化の率に応じて増減が決められ、より低いレベルは緑で、高いレベルは赤で表されている。

The majority of significant differences resulted from women with FM (upper left red cluster) having higher levels compared to controls (upper cluster), with a smaller cluster (lower left green) showing lower methylation levels in the cases with FM compared to healthy controls.
著しく異なる箇所のほとんどはFMの女性によるものであり (左上の赤いクラスター)、コントロール群と比較して高いレベルであった (上側のクラスター)。
少ないクラスター (左下の緑) は、FM患者がコントロール群と比べてメチル化のレベルが低いことを示す。



(b) Pie charts showing the percentage of DM sites according to their relationship to CpG islands.
(b) DM箇所のパーセンテージを示すパイ図表。CpG島への位置関係と一致している。

Nearly half (46.4%) of the sites that were significantly different between the women with FM compared to controls were localized to CpG islands (top pie chart), whereas CpG islands account for only about one third (31%) of the sites interrogated on the 450 K HumanMethylation array (bottom pie chart).
FMの女性とコントロール群の間で著しく異なる箇所の半分近く (46.4パーセント) が、CpG島に局在化した (上のパイ図表)。
一方、CpG島は450Kメチル化アレイ上で判明した箇所の約3分の1 (31パーセント) を占めるのみである (下のパイ図表)。

※450Kメチル化アレイでは1/3しか応答しないCpG島に、FM女性で著しく異なってメチル化していた/FMの女性ではメチル化していなかった部位 (DM) の半分近くが集中した

The proportion of DM sites localized to shores that were recognized in this study (29%) closely paralleled the proportion of sites localized to shores that are interrogated in the array (23%).
この研究で認識された「海岸」に局在化するDM箇所の割合 (29パーセント) は、450Kメチル化アレイで応答した「海岸」に局在化する箇所の割合とほぼ等しかった (23パーセント)。



Sites associated with a location distant to CpG islands accounted for 24.5% of the DM sites identified in this study but accounted for 46% of the total sites interrogated on the array.
CpG島から遠い位置と関連する箇所は、この研究で確認されたDM箇所の24.5パーセントを占めていたが、しかしアレイ上で応答した全箇所の46パーセントに計上された。

※450Kメチル化アレイでの46パーセントに、FMの女性で著しく異なってメチル化していた/メチル化していなかった部位の24.5パーセントが散在した。
(分析) CpG島 46.4% + 海岸 29% + 棚とそれ以外 24.5% = 100%
(450K) CpG島 31% + 海岸 23% + 棚とそれ以外 46% = 100%




Table 2

Genes associated with sites differentially methylated in patients with fibromyalgia.
線維筋痛症の患者でメチル化が異なる箇所と関連する遺伝子。


Table 2 翻訳Table 2 翻訳続き



Table 3


Cluster analysis of genes having significantly different methylation patterns in women with FM.
FMの女性で著しく異なるメチル化パターンを持つ遺伝子のクラスター分析。


Table 3 翻訳
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by travelair4000ext | 2014-02-19 17:41 | 翻訳  

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